假单胞菌界是一个包含约三分之一原核生物物种的界，其中多数为[[革兰氏阴性菌（G-菌）]]及其近缘类群。它与细菌域中一个更大的界 —— [[0. 杆菌界（Bacillati）]]亲缘关系最近，杆菌界的物种多为[[革兰氏阳性菌（G+菌）]]。
名称
其同义名 “Hydrobacteria”（hydro 意为 “水”），指的是据推测该类群物种共同祖先所处的湿润环境。相比之下，杆菌界的物种具有适应陆地生活的特征。2024 年以来，该类群唯一有效发表的名称是假单胞菌界（Pseudomonadati）（此前没有这一名称，因为原核生物命名法规的早期版本不承认门以上的分类阶元）。
1978 年，吉本斯（Gibbons）和默里（Murray）描述的 “薄壁菌门（Gracilicutes）” 有时被用来替代假单胞菌界。然而，“薄壁菌门” 包含了[[0. 蓝菌门（Cyanobacteria，蓝细菌）]]（属于杆菌界），且并非在如今被广泛接受的三域系统下构建的。最近，有人提议重新定义 “薄壁菌门”，但该提议未包含分子系统发育分析或统计分析。此外，它也未遵循三域系统，反而声称真核生物与古菌的演化支嵌套在细菌域中，是[[0. 放线菌门（Actinomycetota，BV5）]]的近缘类群，这一系统发育树未得到任何分子系统发育研究的支持。
演化
据推测，假单胞菌界和杆菌界大约在 30 亿年前分化，这表明当时原核生物已定植于陆地（大陆）。
系统发育与分类
假单胞菌界包含以下超门和门：
• 酸杆菌门（Acidobacteriota）
• [[0. 水栖菌门（产水菌门，Aquificota）]]
• [[0. 蛭弧菌门（Bdellovibrionota）]]
• [[0. 弯曲杆菌门（Campylobacterota）]]
• 脱铁杆菌门（Deferribacterota）
• 依赖杆菌门（Dependentiae）
• 脱硫杆菌门（Desulfobacterota）
• 脱硫单胞菌门（Desulfuromonadota）
• 纤细微生物门（Elusimicrobiota）
• FCB 超门
• 粘球菌门（Myxococcota）
• [[0. 硝化螺旋菌门（Nitrospirota）]]
• [[0. 假单胞菌门（Pseudomonadota，变形菌门，Proteobacteria）]]
• PVC 超门
• 螺旋体门（Spirochaetota）。
一些无根分子系统发育分析不支持杆菌界和假单胞菌界的这种二分法，但最新的基因组分析（包括那些专注于系统发育树根定位的分析）发现这两个类群均为单系群。
假单胞菌界和杆菌界共同构成一个大型演化支，包含 2009 年已知的 97% 的原核生物和 99% 的细菌物种。巴蒂斯塔齐（Battistuzzi）和赫奇斯（Hedges）将该演化支归入拟议的 “光细菌（Selabacteria）” 类群，这一名称暗指它们的光合能力（希腊语 σέλας 意为 “光”）。目前，对于细菌域中那些不属于假单胞菌界 + 杆菌界、因而使光细菌类群具有存在合理性的细菌门，存在争议，梭杆菌门（Fusobacteria）可能属于也可能不属于这类群。
细菌域内假单胞菌界和杆菌界这两个主要分支的定义，很大程度上源于对基因组的有根系统发育分析。无根分析未完全支持这一划分，这引起了人们对有根生命系统发育树重要性的关注。
近期两项细菌系统发育分析均支持假单胞菌界（Pseudomonadati）与杆菌界（Bacillati）的划分。不过，这两项研究对细胞壁的演化解读存在差异：一项研究认为，细菌的最后共同祖先为[[革兰氏阳性菌（G+菌）]]；另一项则认为其为[[革兰氏阴性菌（G-菌）]]。
下图改编自其中一项近期研究，展示了细菌门及超门的系统发育关系。图中梭杆菌门（Fusobacteria）的位置尚未确定，而 DST 类群是杆菌界的最近缘类群：（图略）