纤毛虫门（Ciliophora）是原生生物中结构最复杂的类群，以体表广泛分布的纤毛和独特的核二态性（大核司营养、小核司遗传）为核心分类特征。全世界已知约八千种，广泛分布于淡水、海水及土壤生境。
纤毛虫体型差异悬殊，小至数十微米，大至数毫米。纤毛的排列模式与口器结构是分类的关键依据。该门在水族生态中意义重大：部分种类如[[草履虫（Paramecium）]]和[[钟虫（Vorticella）]]是水质指示生物与微食物网的重要环节；而[[小瓜虫（Ichthyophthirius multifiliis）]]和[[车轮虫（Trichodina）]]、[[斜管虫（Chilodonella）]]则是鱼类的重要寄生虫。
代表类群
• [[草履虫（Paramecium）]]——咽膜目，自由游泳
• [[钟虫（Vorticella）]]——固着目，附生于基质
• [[小瓜虫（Ichthyophthirius multifiliis）]]——膜口目，鱼体寄生虫
• [[斜管虫（Chilodonella）]]——叶咽纲，鱼鳃寄生虫
• [[车轮虫（Trichodina）]]——缘毛目，体外寄生虫
参考资料
• Lynn, D. H. (2008). The Ciliated Protozoa: Characterization, Classification and Guide to the Literature.
• 沈韫芬等 (1999).《原生动物学》.