子囊菌纲（Ascomycetes）以子囊（ascus）内生子囊孢子为核心分类特征，是[[0. 真菌界（Fungi）]]中物种最丰富的类群，已知超过六万种。菌丝有隔，无性生殖产生分生孢子，有性生殖形成子囊果。
在水生生态中，子囊菌是淡水真菌的主要组成部分。水生腐烂木材上常见的水生丝孢菌（hyphomycetes）多数属于子囊菌的无性型。它们分解沉水枯枝落叶，将粗颗粒有机物转化为细颗粒有机物，促进碎屑食物链的运转，也为水生无脊椎动物如[[轮虫动物门（Rotifera）]]提供食物基础。部分子囊菌如水霉近缘种可感染鱼卵及受伤鱼体表面。从系统演化看，子囊菌与[[担子菌纲（Basidiomycetes）]]构成双核菌类（Dikarya），代表真菌界最成功的辐射演化支系。
参考资料
• Shearer, C. A. et al. (2007). Fungal biodiversity in aquatic habitats.
• Spatafora, J. W. et al. (2006). Ascomycota tree of life.