接合菌纲（Zygomycota）以有性生殖时形成接合孢子（zygospore）为核心分类特征。菌丝无隔、多核，营养体为发达的共足体。该类群已不再被视为单系群，现多拆分为毛霉亚门和虫霉亚门等独立谱系，但其形态学概念在水生生态研究中仍有实用价值。
代表属如根霉属（*Rhizopus*）和毛霉属（*Mucor*），广泛分布于淡水底泥及有机碎屑中，是重要的腐生分解者。部分种类可寄生于[[线虫动物门（Nematoda）]]及昆虫幼虫。在水族箱环境中，饲料残渣受潮后常见毛霉生长，需注意通风与清洁以抑制其繁殖。从系统演化看，接合菌丧失了[[壶菌纲（Chytridiomycetes）]]的游动孢子，代之以气传或水传的静止孢子囊孢子，反映了从水生到陆生的适应趋势。
参考资料
• Spatafora, J. W. et al. (2016). A phylum-level phylogenetic classification of zygomycete fungi.
• Hibbett, D. S. et al. (2007). A higher-level phylogenetic classification of the Fungi.