饮用水或工业用水中腐殖酸的存在可能会对水的处理能力和化学消毒过程的成功产生重大影响。例如，腐殖酸和富里酸可以与氯化过程中使用的化学物质反应，形成对人类有毒的消毒副产物，如二卤乙腈。因此，准确建立腐殖酸浓度的方法对于维护水资源至关重要，特别是来自温带气候地区的山地泥炭集水区。
由于在自然环境中，许多不同的生物有机分子以非常多样的物理关联混合在一起，因此测量它们在腐殖超结构中的确切浓度是困难的。因此，腐殖酸的浓度传统上是根据有机物的浓度来估算的，通常是从总有机碳（TOC）或[[0. 溶解有机碳（DOC）]]的浓度来估算。
提取程序必然会改变土壤腐殖物质中存在的某些化学键合（主要是生物聚酯如角质和木栓质中的酯键）。腐殖提取物由大量不同的生物有机分子组成，这些分子尚未完全分离和鉴定。然而，通过选择性的提取和化学分级，已经鉴定出单一类别的残余生物分子，这些分子由烷酸和羟基烷酸、树脂、蜡、木质素残留物、糖类和肽类组成。