生物脱硫是对工业过程、废水处理和垃圾填埋场中产生和排放的含硫化合物(例如$、$、硫醚和硫醇)废气的一种经济有效的脱硫方法。沼气中的$在生物脱硫过程中被[[硫氧化细菌（SOB）]]去除，形成的硫颗粒可以用作肥料和用于$生产。
$生物滤池中发现的最常见的硫化物氧化细菌：
• 酸性：Acidithiobacillus sp.
• 中型：Thiobacillus sp.
• 碱性：Thioalkalivibrio
新型强化生物除磷(S-EBPR)工艺
最近，一种新的硫转换相关强化生物除磷(S-EBPR)工艺已被开发用于处理富^{2-}$废水，这一过程成功地整合了硫、碳、氮和磷循环，以便同时代谢或去除碳、氮、硫和磷。 硫酸盐还原生物反应器中最常见的[[硫酸盐还原菌（SRB）]]：
• Desulfovibrio
• Desulfobulbus
• Desulfomicrobium
• Desulfobacter