目前普遍认为在硫酸盐同化过程中：
• PAPS是各种真细菌(包括肠杆菌)、古细菌和真菌的主要底物
• 但对植物、藻类和蓝细菌而言，似乎APS才是主要底物。
例如在植物中，APS可以不经过PAPS这一步骤，直接在APS还原酶(APR)的作用下生成^{2-}$，植物中含有的APR与微生物用于[[异化硫酸盐还原]]的APR在结构上有很大的不同，植物中用于^{2-}$还原的是同化型APR，它由二巯基化物或二硫化物和2个$[4Fe-4S]$活性中心构成，从还原态GSH中获取电子。生成的^{2-}$继而在SIR的作用下，接受来自铁氧还蛋白的电子产生$，最后将硫化物掺入O-乙酰丝氨酸的氨基酸骨架中以形成半胱氨酸，完成同化过程；在进行光合作用的组织中，由[[铁氧还蛋白（Ferredoxin, Fd）]]为SIR提供电子，SIR将接受的6个电子转移到^{2-}$生成$；而在非光合作用的组织(如根系)中，SIR所需的电子由NAD(P)H、[[铁氧还蛋白（Ferredoxin, Fd）]]以及[[铁氧还蛋白-NADP+ 还原酶（FNR）]]等协同提供。
在^{2-}$还原过程中，植物质体使用SIR来将^{2-}$还原为硫化物，与肠道细菌、酵母与真菌的NADPH依赖型SIR相比，植物内的Sir缺少黄素酶结构域，它以[[铁氧还蛋白（Ferredoxin, Fd）]]为电子供体还原^{2-}$。而对于微生物来说，Sir有广泛的电子供体，常见的有短链脂肪酸例如乳酸、[[C4：丁酸（butanoic acid）]]、[[C4：苹果酸（malic）]]、[[C3：丙酸（propanoic acid）]]和[[C4：延胡索酸（富马酸，fumaric）]]等，以及[[0. 氨基酸]]、[[乙醇（ethanol，alcohol）]]和$。
在拟南芥和水稻中，^{2-}$作为底物的硫同化模型。^{2-}$被吸收进质体之后，在S-硫代半胱氨酸合酶CS26的催化下与OAS发生反应生成S-硫代半胱氨酸；之后的反应与在大肠杆菌中类似，即当有NADPH存在时，S-硫代半胱氨酸可以还原为半胱氨酸并释放出^{2-}$，从而完成同化过程。[[大肠杆菌（Escherichia coli，大肠埃希菌）]]中^{2-}$同化为[[C3：半胱氨酸（Cys；cysteine）]]所消耗的NADPH和ATP的量少于将^{2-}$同化为[[C3：半胱氨酸（Cys；cysteine）]]，因此当^{2-}$和^{2-}$同时存在时，^{2-}$有可能被优先用于无机硫化物的同化过程。相似的是，在酿酒酵母中，^{2-}$比^{2-}$更能促进菌体生长和乙醇产量的提高。