主要有3方面的作用
细菌的氧化降解
好氧菌利用微藻产生的$降解含碳有机物产生$，氨化含氮有机物，继而进行硝化，生成氨氮、亚硝酸盐和硝酸盐，同时能将含磷有机物降解为正磷酸盐，供藻类利用。
藻类的同化吸收
![[藻类的同化吸收.png]] 其作用机理近似下面的化学方程式： $ 16NH_4^++92CO_2+92H_2O+14HCO_3^-+HPO_4^{2-} \xrightarrow[]{光照} C_{106}H_{263}O_{110}N_{16}P+106O_2 $
藻类利用细菌产生的[[二氧化碳]]进行光合作用，同化吸收N、P营养物质。微藻光合作用利用的氮源可以是有机氮也可以是无机氮。有研究表明，微藻对无机氮的吸收利用过程分为3步：
1. 微藻在特定酶的协助下将硝酸盐、亚硝酸盐和氨氮吸收到细胞中； 2. 在相关酶催化作用下，利用ATP将硝酸盐、亚硝酸盐还原成铵； 3. 将还原生成的铵并到碳骨架中
因此相比于硝酸盐和[[亚硝酸盐]]，微藻在吸收利用氮源过程中优先利用[[0. 氨氮]]，当[[0. 氨氮]]消耗完后再消耗其他形态的氮。
磷作为核酸、细胞膜及能量储存物的必需元素，也是微藻生长过程中所必需的常量元素。微藻在吸收磷的过程中，常常优先吸收无机离子^{2-}$、^-$，吸收的P合成核酸或能量传递物质等。Stumm提出藻类分子式近似为{106}H_{263}O_{110}N_{16}P$，微藻在生长过程中主要以$为碳源，通过细胞中叶绿素的光合作用把水中的^+$、^-$、^-$、^-$等无机离子和尿素等有机物质所含有的N、P等元素缔合到碳骨架上，形成藻细胞完成细胞增殖并向水体中释放$，增加了水体中的溶解氧(DO)含量，有利于其他生物的生长。
共生环境中pH的变化引起的去除
另，由于微藻以$为碳源进行光合作用，因此水中的$含量减少，pH值升高，导致氨氮挥发增加，磷酸盐与水中的钙离子在高pH条件下形成磷酸钙沉淀，从而实现氮磷的有效去除。