• 细菌和微藻在增殖过程中都会吸收利用环境中的营养物质，如氮、磷等，如果环境中的营养物质不能够满足细菌和微藻共同生长需要时，细菌和微藻就会产生对营养物质的相互竞争。当环境中磷酸盐含量较低时，细菌对磷酸盐的利用效率比微藻对磷酸盐的利用效率更高。
• 在黑暗环境中微藻的呼吸作用也会吸收环境中的氧气，从而与细菌产生对氧气的竞争。
• 微藻能够产生抑制细菌生长或毒害细菌的广谱或特殊抗生物活性物质——藻毒素。
• 微藻产生的一些胞外分泌物，如溶解态的氨基酸、抗生素类物质可能对细菌和病原菌也可产生抑制或毒害作用。
• 某些细菌可释放细菌毒素抑制藻细胞生长，甚至裂解藻细胞，表现出杀藻效应。细菌与藻细胞直接接触，释放可溶解纤维素酶溶解藻细胞的细胞壁，然后溶解整个藻细胞。细菌在生长过程中可能释放特异性或非特异性化感物质，这些化感物质可通过阻断呼吸链、抑制细胞壁合成等抑制藻细胞的生长，甚至溶解藻细胞。这些化感物质包括多肽类物质、蛋白质、生物碱、抗生素、色素等。
• 菌藻对营养物质的竞争会改变生物群落组成。
• 由于光合作用引起pH上升对细菌产生危害。