本小节根据一些污水处理资料整理，可对养鱼起到一些参考作用。
针对不同的生活污水和工业废水，常见的微藻种类：
> 小球藻(Chlorella)
• Chlorella Vulgaris
• Chlorella pyrenoidosa
• Chlorella sorokiniana
• Chlorella minutissima
> 衣藻(Chlamydomonas)
• Chlamydomonas mexicana
• Chlamydomonas debaryana
• Chlamydomonas pitschmannii
> 栅藻(Scenedesmus)
• Scenedesmus obliquus
• Scenedesmus quadricauda
• Scenedesmus LX1
> [[0. 颤藻属（Oscillatoria）]]
• Oscillatoria rubescens
> 杜氏藻(Dunaliella)
• Dunaliella primolecta
• Dunaliella tertiolecta
> 螺旋藻(Spirulina)
• Spirulina platensis
在众多的微藻中，常用于污水处理的微藻种类大部分属于光合自养型单细胞绿藻，它们对许多污水都具有耐受性。目前，常用来净化污水或污水培养作为生物质能源的微藻有小球藻(Chlorella)、栅藻(Scenedesmus)。其适应能力强，易于培养，对富含氮磷的污水具有明显的净化效果，同时有较快的生长速率、较高的环境耐受能力、较高的油脂或淀粉生产和积累潜力。虽然，微藻油脂和淀粉的积累通常是在营养损耗下增强的，在用于净化高氮磷废水时，微藻细胞内的油脂积累量较低，但微藻生物量增长较快，总的油脂和淀粉积累量较高，可作为生物质能源利用。
构建菌藻系统用于处理污水时
• 对于重金属废水，小球藻具有一定的优势；
• 对于药物废水，栅藻应用较广。
微藻对有毒污染物较敏感，可用作毒性测试或者生态系统改变时的指示生物
• 重金属对微生物光合作用有较强的抑制作用，能导致栅藻(Scenedesmus incrassatulus)细胞形态和大小的变化。
• 当铜离子浓度为2 mg/L时，小球藻(Chlorella sorokiniana)光合作用产氧去除水杨酸完全被抑制
• 在密闭的光生物反应器中，微藻对有机污染物的耐受力较为敏感
• 在高氨氮和高pH联合作用下，微藻耐受力也较为敏感
因此，应根据污水中污染物的类型及其浓度合理选择菌藻共生系统中微藻的种类。