AOB：自然和工程化环境中化能自养氨氧化细菌的谱系

根据16S rRNA基因序列分析，自养氨氧化菌的谱系包括两个单系群，一个属于[[0. γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）]]，另一个属于[[0. β -变形菌纲（Betaproteobacteria）]]。属于[[0. β -变形菌纲（Betaproteobacteria）]]的AOB包括[[0. 亚硝化螺菌属（Nitrosospira）]]和[[0. 亚硝化单胞菌属（Nitrosomonas）]]两个属，可以划分为至少七个或八个亚群。由于它们生长速率低以及在实验室培养这些细菌的困难，通过传统的基于培养的检测方法耗时长，并且会导致对研究环境中它们多样性和丰度的低估。基于PCR或探针杂交技术的无需培养的分子方法的发展，允许更好地了解环境和工程化系统中的氨氧化群落。迄今为止，只有在海洋环境中检测到了属于[[0. γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）]]的AOB，而在废水处理厂（WWTP）等系统中报告的所有AOB都属于[[0. β -变形菌纲（Betaproteobacteria）]]。WWTP通常以相当大的总氨氮（TAN=氨 + 游离氨）输入（60–1000 g N m−3 day−1）为特征，其AOB群落通常以[[0. 亚硝化单胞菌属（Nitrosomonas）]]（包括[[Nitrosomonas mobilis]]）的成员为主，尽管有几项研究报告了[[0. 亚硝化螺菌属（Nitrosospira）]]相关菌株的普遍性。一些WWTP含有单一的AOB种群，而其他则含有混合的AOB群落。尽管在过去几年中，人们尝试使用PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）和FISH等分子工具将WWTP的条件和性能与硝化菌种的存在/缺失联系起来，但结果的批判性检验并不允许观察到特定趋势。