水生高等植物在产生吸收作用的同时，也伴随着[氨化](https://zhuanlan.zhihu.com/p/414725199)、[硝化](https://zhuanlan.zhihu.com/p/414728325)、[反硝化](https://zhuanlan.zhihu.com/p/414737054)作用。
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这些水生高等植物通过光合作用产生氧气，这些氧气会通过植物体内的运输网络遍布全身。在这些高等植物浸入水的部分表面会形成一层富氧层，在这里硝化菌会大量滋生；硝化菌耗尽氧气的不远处会有反硝化菌滋生。这些水生高等植物水体的部分往往表面积都很大，会形成大量富氧层。以浮水植物凤眼莲为例：凤眼莲的根，由于表面积非常大，白天根部会缓释出大量氧气，但是这些氧气会在距离根部零点几毫米内被硝化菌大量消耗，硝化菌过量繁殖则让更远的水域变成缺氧区，这些区域反硝化菌就会利用缺氧和亚硝酸盐、硝酸盐丰富的水体大量繁殖，其分布数量比敞水区更多。
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