鱼缸中的反硝化菌都是异养菌，利用的碳源都是有机物，比如可以利用甲醇$：
• 先变为亚硝酸根离子，这也是【反硝化】的命名缘由
$ 6NO_3^-+2CH_3OH\xlongequal[]{硝酸还原菌} 6NO_2^-+2CO_2+4H_2O $
• 亚硝酸根离子继续与有机物反应生成氮气
$ 6NO_2^-+3CH_3OH\xlongequal[]{亚硝酸还原菌} 3N_2+3CO_2+6OH^-+4H_2O $
• 总反应
$ 6NO_3^-+5CH_3OH\xlongequal[]{反硝化菌} 3N_2+5CO_2+6OH^-+7H_2O $ 反硝化过程是否顺利，最大的问题在于作为还原剂的有机碳源是否充足。 $ NO_3^−+有机碳 \longrightarrow{} N_2\uparrow+CO_2+H_2O $