棉籽粕在淡水鱼类饲料中的使用量在加大，最高用量可以控制在35%以下没有发现有副作用。在性价比方面较豆粕、花生粕有明显的优势。
棉籽粕的蛋白质含量在不同产地、加工条件下差异较大，蛋白质含量从35%到46%的棉籽粕都有。在产地上以新疆棉籽粕质量最好，蛋白含量高，棉绒少。对棉籽粕进行脱绒、脱酚后如紫光棉蛋白其质量得到显著改善，蛋白质含量可以达到50%左右。用这种棉籽粕在淡水鱼类、虾类中替代部分豆粕使用效果较好，饲料配方成本也有下降。
棉籽粕除了蛋白质差异很大外，就是棉绒的含量问题。棉绒不易粉碎，在小颗粒饲料如1毫米以下饲料制粒时容易堵塞模孔，所以在虾料、小颗粒饲料中要选择脱绒棉籽粕。对于棉籽粕在淡水鱼类饲料中的使用原则，是尽可能选择优质棉籽粕进入配方，对质量不好的棉籽粕要限量使用。