毫无疑问，鱼类自身因素是影响体色的关键之一。来自亲代的遗传和鱼类本身的视觉系统可能不易因外界条件而改变，但是有关鱼类内分泌和其自身的健康状况是可以得到维护和改善的。 虽然没有饲料添加剂对鱼体色的影响那么明显， 但是鱼类自身因素对体色影响产生的后果，往往是大量的体色变异甚至死亡。
• [[鱼类体色的自身因素：基因遗传]]
• [[鱼类体色的自身因素：内分泌]]
• [[鱼类体色的自身因素：自身视觉系统]]
• 疾病：患病鱼类的体色明显浑浊；而健康鱼的体色则更加亮丽。
• 社会地位：鱼类的社会地位或对领土的支配往往也体现在了丽鲷科鱼的体色上，而且地理隔离产生的体色变化较为明显。
• 石斑鱼在产卵季节发生的体色变化也被证明与繁殖行为有关。