这类异构体的核心区别是**分子中原子的连接方式或排列顺序不同**，原子组成（分子式）完全一致。
• 官能团异构：分子中的官能团种类不同，例如[[乙醇（ethanol，alcohol）]]、[[二甲醚（DME）]]。
• 位置异构：官能团在碳链上的连接位置不同，例如 1 - 丁烯和 2 - 丁烯。
• [[异戊烯二磷酸（异戊烯基焦磷酸，IPP）]]<--> [[二甲基烯丙基二磷酸（二甲基烯丙基焦磷酸，DMAPP）]]
• 碳链异构：碳骨架的结构不同，例如正丁烷和异丁烷。
• 互变异构：在溶液中可以快速相互转化的构造异构，例如酮式 - 烯醇式异构。
• [[四氢叶酸（THF）]]
• [[0. 维生素B9：叶酸（FA，folate）]]
• [[0. 嘌呤（purine）]]